除此之外，商船三井還將在企業戰略規劃部（Corporate Planning Division）成立業務戰略執行辦公室（Business Strategy Execution Office），主要利用集成方式的商務智能來進行跨部門、跨領域的推廣。與此同時，商船三井還將撤銷其研究辦公室，并將其業務轉移至業務戰略執行辦公室或其他部門。
在能源運輸業務板塊，商船三井將設立一獨立的燃料業務辦公室（Bunker Business Office），其在硫化物的法律法規指導下，根據公司的中長期政策來采購燃料油及潤滑油等。這將促使商船三井船舶發動機使用包括LNG在內替代燃料的積極性。與此同時，商船三井將撤銷油輪部（Tanker Division）的燃料集團（Bunkering Group）。
以多元化經營模式為前提，商船三井將在集團業務部新成立新業務創新集團（New Business Creation Group）。而商船三井表示：“這并不是集團傳統業務的延伸。”因此，集團業務部將更名為新業務創新與集團業務部（New Business Creation andGroup Business Division）。
最后，商船三井的海工與液化天然氣項目部也將更名。此前負責商船三井俄羅斯及中國LNG運輸項目部門轉移至LNG運輸部（LNG Carrier Division），而海工部分也將成立海工項目部（Offshore Project Division），繼續開展相關業務。
