受化石燃料沖擊的影響，目前部分清潔替代燃料的價格已接近成本。地中海航運（MSC）海事政策與政府事務執行副總裁Bud Darr發布警告稱，未來使用的任何替代燃料的價格都將高于過去支出的成本，航運業將不得不支付更高的燃料價格。
Bud Darr表示，考慮到基礎設施建設和交付的成本時，燃料價格的漲幅預計將達到當前標準的2至8倍。這是將LNG作為替代燃料的企業的經驗之談，但市場波動或將帶來一些潛在影響。在他看來，近期LNG價格飆升意味著生產生物LNG與化石燃料相比具有成本競爭力。
愛爾蘭船東Ardmore Shipping的首席運營官Mark Cameron表示，使用清潔燃料使得該公司在市場中“暫露頭角”。同時也承認船用燃料價格上漲中包含著一些人為因素。
陸上對燃料的競爭也是航運業之前沒有注意到的重要因素。Bud Darr表示，如果將綠色氨作為船用燃料，那么就需要集中全球所有的可再生能源產能。而氨氣的生產流程又比較復雜：首先需要通過尚未研發出來的電解槽生產足夠的綠色氫氣并進行轉移，再通過更多的電力和催化劑過程來制造綠色氨，最后通過未知的運輸方式將其轉移至船舶中。
此外，燃料試點時還需要考慮可能實現的潛在排放。在部分航運業參與者看來，甲醇是目前最合適的替代燃料，它比超低硫燃油更具競爭力，價格低于低硫柴油。但由于市場的持續波動，燃料的定價和可用性隨時都會發生變化。
意大利油輪船東Premuda的首席執行官Marco Fiori強調，需要建立一個全新的全球燃料供應基礎設施。他指出，即使在今天，安裝了脫硫塔的船舶也無法在南美洲采購高硫燃料油。Safe Bulkers總裁Loucas Barmparis補充稱，航運的真正問題在于誰為綠色燃料供應系統的開發買單。Bud Darr此前曾表示，成本必須由客戶負責。
