卡塔爾斷交風波愈演愈烈，波及到航運業。6月7日起，馬士基、中遠海運集運、長榮海運、東方海外、薩菲航運等多家船公司已先后明確表示，不再接收進出口卡塔爾貨物訂艙。
從6月5日開始，巴林、沙特阿拉伯、阿聯酋、埃及、也門、利比亞、馬爾代夫、毛里求斯、毛里塔尼亞等9個國家陸續宣布與卡塔爾斷絕外交關系。這些國家封鎖邊境，關閉往來卡塔爾的航空、海運和陸地間所有聯系。
船舶來自卡塔爾港口，無論是否懸掛卡塔爾旗，無法在上述部分國家中航行及掛靠。巴林宣布，6月6日起，所有港口和領海將暫停往來卡塔爾的海上通航。迪拜的港口運營商DP World也發布公告稱，將禁止所有與卡塔爾相關的船舶掛靠迪拜的港口。
卡塔爾位于波斯灣西南岸的卡塔爾半島上，其西、北、東三面被海灣包圍，南部與沙特接壤，與沙特的陸路運輸成為進口物資的主要通道。海運方面，進出卡塔爾的貨物主要有兩條路線：第一條，貨物通過中東其他大港中轉，如迪拜的杰貝阿里（Jebel Ali）港，然后通過駁船或者陸路轉運至卡塔爾；第二條，航運公司直接掛靠卡塔爾的港口，如哈馬德港，但這類船舶非常少。
上海海事大學教授徐劍華分析表示，由于卡塔爾本國貨運量很小，國際上主流的船東公司都沒有直達卡塔爾的主干航線，基本上都是在迪拜等周邊國家港口卸貨，再由支線航運或陸路轉運，周邊國家港口拒絕與卡塔爾相關的船舶航行及掛靠，對卡塔爾的航運影響非常大。
幾家大型船東公司陸續宣布暫停卡塔爾貨物訂艙。6月7日，全球最大的集運公司馬士基宣布暫停進出口卡塔爾的訂艙。馬士基稱，不少原計劃從杰貝阿里中轉到卡塔爾的貨物都滯留在了杰貝阿里，馬士基正積極為客戶尋求解決方法。
中遠海運集運也在6月7日發布公告稱，鑒于目前事態發展的不確定性，為最大限度保護客戶利益，從即日起暫停接運卡塔爾流向的所有訂艙。所有已上船發往卡塔爾貨物，無法確定交付時間，中遠海運集運將竭盡全力爭取將這些貨物運送至卡塔爾的哈馬德港。
6月8日，全球第六大集運公司長榮海運和第七大集運公司香港東方海外表示，暫停卡塔爾航運服務。
